Game đưa người chơi đi qua một số phần của khu căn cứ này, bao gồm một nhà kho và đường hầm. Nhân vật người chơi được giao nhiệm vụ, cùng với các thành viên Special Tactical Advanced Alien Response (STAAR), Trung úy Stephanie Grant và Thượng sĩ Marcus Bradley, thâm nhập vào Khu vực 51 và kích hoạt chuỗi tự hủy hạt nhân. Người chơi phải đánh bại những người lính zombie và người ngoài hành tinh biến đổi gen mà không làm tổn hại bất kỳ thành viên nhóm STAAR đồng minh nào. Nếu không có gì ngoài ba thành viên nhóm STAAR bị bắn, chế độ Kronn Hunter được bắt đầu, đảm nhận vai trò Hunter, do Kronn điều động nhằm tiêu diệt phiến quân.[5]

Có năm loại vũ khí có sẵn trong game. Mặc dù người chơi chỉ được tặng một khẩu súng lục bán tự động ngay từ đầu, nhưng việc nâng cấp vũ khí có sẵn khi là mục tiêu. Súng lục có thể được nâng cấp thành súng máy tự động, shotgun nạp đạn kiểu bơm và cuối cùng là súng ngắn tự động. Shotgun tạo ra hỏa lực lớn hơn nhắm mục tiêu vào kẻ thù. Cả súng máy và súng tự động đều cho phép người chơi bóp cò để giải phóng đạn. Nếu nhân vật người chơi bị kẻ thù tấn công bất cứ lúc nào, vũ khí sẽ bị hạ cấp trở lại khẩu súng lục.

Lựu đạn được giấu trong các thùng và phòng thưởng. Khi được sử dụng, chúng tiêu diệt hầu hết các kẻ thù trên màn hình cùng một lúc. Người chơi có thể chứa tối đa chín quả lựu đạn. Ngoài ra, người chơi nên tận dụng bắn các hộp và thùng chứa màu vàng có ký hiệu cảnh báo "dễ cháy" để gây ra hỏa hoạn hoặc vụ nổ hòng gây thiệt hại cho kẻ thù. Bằng cách bắn một số vật thể theo trình tự chính xác, người chơi có thể mở khóa các bài tập bắn, vũ khí cận chiến và các vật phẩm thưởng không có trong cốt truyện chính của game. Các cửa hậu khác cho phép người chơi di chuyển về phía trước tới những màn sau thay vì đi theo con đường tuyến tính khác của trò chơi.

Có nhiều chủng loại sinh vật ngoài hành tinh/zombie ngoài hành tinh bao gồm những tay súng, cận chiến, bắn tên lửa và ném những thứ như gạch, lựu đạn và thùng rượu. Zombie ngoài hành tinh/sinh vật ngoài hành tinh màu tía cần hỏa lực nhiều hơn các mục tiêu khác.